İstanbul’un Kadıköy semtinde, Nurizade Ziya Songülen, Şevkipaşazade Ayetullah ve Samipaşazade Necip Okaner tarafından, gizlice kurulmuştur.Padişah II. Abdülhamit’in baskı rejimi, Türk gençleri için, değil kulüp kurmak, İngiliz ailelerinin oynadıkları futbol bile yasaktır. Çünkü spor yapmak amacıyla da olsa, Türk gençlerinin bir araya gelmesi, rejim için çok sakıncalı görülmektedir. Kuruluş toplantısında, Nurizade Ziya Songülen Bey ilk başkan seçilirken, Şevkipaşazade Ayetullah Bey ilk genel sekreterlik, Samipaşazade Necip Okaner ise ilk genel kaptanlık görevlerini üstlenirler.Fenerbahçe Spor Kulübü’nün kurucuları, amblem olarak adını aldıkları Fenerbahçe burnundaki fener, renk olarak da Fenerbahçe yarımadasındaki papatyaların sarı-beyazdan gelmektedir.
1908 Meşrutiyeti’nin ilanına kadar çalışmalarını gizlice yürütmek zorunda kalmıştır. Bu tarihten sonra yürürlüğe giren Cemiyetler Kanunu’yla tescil edilir ve başarıdan başarıya koşacak olan bir büyük camia, Türk sporundaki seçkin yerini alır.
Fenerbahçe Spor Kulübü’nün ilk futbol takımı, Asaf, Ziya Hasan, Sami, Ayetullah, Mazhar, Necip, Fethi, Galip, Hüseyin, Hasan, Nevzat’tan kurulu kadrosuyla, 1909 yılı sonbaharında İstanbul ligine katılır. Ancak katıldığı ilk iki yıl boyunca varlık gösteremez. 1911-1912 sezonunda, Ali Said, Galip, Arif, İzzi, Hüseyin, Sabri, Hikmet, Said, Hasan Kamil, Nuri, Miço’dan kurulu takımıyla ilk şampiyonluğunu kazanır. Bu şampiyonluk büyük Fenerbahçe’nin şanlı tarihine yazılan ilk şampiyonluk olmasıyla önemli olduğu kadar, yenilmeden kazanılmış olmasıyla da önemlidir.